Según declaraciones de especialistas, el Parque representa un salto cualitativo en la conservación de los recursos marinos, pues el mismo representa el 3.5% de la Plataforma Insular cubana y el 12% del Sistema Nacional de Áreas Protegidas marinas, e incluirá la casi totalidad de nuestros ecosistemas marinos. Así mismo se le considera uno de los paisajes más importantes del  sistema de arrecifes del Caribe cubano.

Jardines de la Reina posee una extensión de 2 170 Km². y se le considera el mayor espacio marino virgen cubano.

Este archipiélago es uno de los cuatro que existen en Cuba, con un frente de unos  150 km  y consiste de pequeños cayos, canales, dunas,  manglares y afloramientos arenosos de extraordinaria belleza natural, ubicados al borde de la plataforma insular.

En estos cayos se encuentran especies de insectos, arañas, reptiles y aves, así como abundantes poblaciones de iguanas y jutías.

Los fondos marinos del archipiélago, añade el informe,  se destacan no solo por su extensión, sino también por ser de los más conservados y diversos del Caribe, por la abundancia de corales, gorgonáceos, algas, esponjas, moluscos, crustáceos, quelonios y peces de grandes tallas, que le confieren un alto valor estético, educativo y científico.

Es el principal sitio de desove de las 4 especies de tortugas marinas de Cuba y presenta las principales poblaciones de cobos (Strombus gigas) del país.

Se encuentran aquí las poblaciones de quelonios y cobos  más importantes de la región. Así como la presencia de grandes ejemplares de peces de plataforma y otros de aguas más profundas entre ellos se destacan los tiburones: cabeza dura (Carcharinus falciformis) , juguetón (Carcharinus perezi) y el tiburón ballena (Rhincodon typus) , también está presente la cubera (Lutjanus cyanopterus) y el macabí (Albula vulpes) , entre otros.

El equipo de administración y planificación del área el CNAP, con el apoyo del proyecto "Creación y Conservación del Parque Nacional Jardines de la Reina", fondos de WWF Canadá y colaboración de Azulmar S.A, ha precisado con el Ministerio  de la Industria Pesquera un plan operativo de manejo del mismo, y trabaja en manejos a más largo plazo, así como en acciones  de protección,  patrullaje, comunicaciones, educación ambiental y planificación.